El Patronato es el máximo órgano de gobierno y representación de la Fundación, al que corresponde ejercer todas las facultades y competencias que sean necesarias para la realización de los fines fundacionales, con sujeción a lo dispuesto en los estatutos de la Fundación y en el ordenamiento jurídico.
Las personas que conforman el Patronato de la Fundación tienen cargos personales e indelegables, no retribuidos, sin sujeción a mandato y con una labor que se guiará por la ética y la responsabilidad.
El actual Patronato de Fundación Caja Navarra tomó posesión el 4 de julio de 2022 y está formado por:
Presidencia: José Ángel Andrés Gutiérrez Vicepresidencia: Juana García Santamaría
Vocal: Pilar Aramburo González Vocal: Mercedes Ferro Montiú
Vocal: Estrella Lamadrid Morón Vocal: José Luis Martín Nogales
Vocal: Isabel Moreno Orduña Vocal: Javier Onieva Larrea
Vocal: Luis Ordoki Urdazi
Secretario no patrono: Álvaro Eguiluz Martiarena
Representante del Protectorado no patrono: José María Cebrián Jiménez
